Những năm tháng cuối cùng, do phải vật lộn với bệnh tật ngày một trầm trọng, ông không còn xuất hiện nhiều ở những hội thảo hội nghị nữa (đọc
ở đây), nhưng vẫn tham gia hay chủ trì một số công trình khoa học.
Một trong số đó là công trình Hệ thống Tam Phủ - Tứ Phủ trong tư liệu văn bản và thực hành tín ngưỡng của người Kinh và một số tộc người thiểu số miền núi phía Bắc, vốn là đề tài cấp Bộ của Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội Việt Nam, thực hiện trong các năm 2017-2018 (tháng 1/2017 - tháng 12/2018), nghiệm thu năm 2019, dự thi giải thưởng năm 2019 của Hội Văn nghệ Dân gian Việt Nam.
Công trình đó do tôi làm chủ nhiệm, với 7 thành viên (thầy Ngô Đức Thịnh là một trong đó), đã nhận giải Nhì A năm 2019 của Hội Văn nghệ Dân gian Việt Nam. Khi nhận giải, đã đưa tin nhanh
ở đây.
Như vậy, đây là công trình tập thể mà thầy Ngô Đức Thịnh tham gia với tư cách một thành viên. Có thể xem đó là một trong những công trình khoa học cuối cùng về tôn giáo tín ngưỡng Việt Nam của ông.