Học giả Phan Đăng Nhật đã nhẹ bước rời xa cõi tạm vào buổi sáng ngày 22 tháng 6 năm 2020. Tang lễ của ông được tổ chức tại nhà tang lễ Cầu Giấy vào buổi sáng ngày 24 tháng 6. Tin đã được đưa trên Giao Blog ở đây và ở đây.
Giỗ đầu ông vào đúng mùa dịch.
Giỗ thứ hai của ông cũng chưa ra khỏi đại dịch covid-19. Bởi vậy, việc cúng giỗ chỉ ở phạm vi gia đình nhỏ.
Đúng vào tối ngày giỗ thứ hai của ông, một đàn em của ông là chú Vũ Thế Khanh đã tới dâng hương lên bàn thờ tại tư gia.
Vào ngày 24 tháng 6, một đàn em khác của ông là chú Nguyễn Thế Khoa có đăng một bài tưởng niệm trên Fb. Một ít ngày trước đó, một học trò của ông là chú Phạm Việt Long cũng nhắc đến thầy mình trong một chương trình trả lời phỏng vấn về chủ đề đào tạo tiến sĩ tại Việt Nam.